Liberty City в LCS отличается от города в GTA III или в GTA Advance. Так, к примеру, «Sex Club Seven» Луиджи Готерелли (англ. Luigi Goterelli) здесь называется «Paulie's Revue Bar», и владеет им JD O'Toole, который работает на мафиозную семью Синдакко из Grand Theft Auto: San Andreas, причём игрок становится свидетелем того, как клуб получает нового владельца и название «Sex Club Seven». Также в городе существут небольшой район — «Маленькая Италия», которого нет в Liberty City времён Grand Theft Auto III, но его судьба также становится известной игроку в одной из миссий.

Претерпел изменения и путь между островами. Мост между Portland Island и Staunton Island, а также туннель, соединяющий их в GTA III ещё не завершен, открыта только секция туннеля, которая идёт от северной части острова Shoreside Vale до южной. Мост «Callahan Bridge» (который разрушается взрывом в начале GTA III) также не достроен. Только после мисии «Driving Mr. Leone» (около 19% прохождения игры) строитетельство моста оканчивается и игрок может попасть на остров Портленд. В Liberty City появились и мотоциклы, которые позже были запрещены (на вебсайте LCS сообщается, что наличие мотоциклов в Liberty City было осуждено общественностью и поддержано корпорацией «Майбацу» для того, чтобы увеличить использование автомобилей в городе.